La aparición de tres cadáveres reproduciendo la escena de la crucifixión de Cristo, con referencias a versículos de la Biblia perfectamente talladas en la madera, da comienzo a un caso sin precedentes. El protagonista de la escena es Jesús López, un famoso misionero benedictino criado al amparo de una todopoderosa familia, con el cardenal Gabriel Harrington a la cabeza, sin ninguna relación aparente con los otros dos crucificados.
La investigación llevará a la sargento María Ballesteros al misterioso diario del misionero, cuyas extrañas anotaciones constituyen un nuevo enigma que pondrá en el punto de mira a Los Caballeros de la Ciencia, un desconocido grupo al que el manuscrito hace referencia, y al cardenal Gabriel Harrington, que está siendo amenazado en relación a un antiguo y controvertido proyecto empresarial, y cuyas condicionadas respuestas no dejarán satisfecho a nadie.
El padre Daniel, mentor del misionero, y el hermano Federico, su mejor amigo, colaborarán con las autoridades en una trepidante historia en la que la conjunción de religión y ciencia, intereses económicos y espiritualidad, asesinatos, misterio... les llevará en un viaje hasta los más altos estamentos eclesiásticos en el Vaticano, donde se desarrollará la partida final que revelará los motivos de una renuncia papal y el secreto mejor guardado de la Iglesia.